מרכיבי הליבה של מגרסה לפסולת רפואית הם הלהבים וראש החותך. הלהבים עשויים בדרך כלל מפלדת סגסוגת בעלת חוזק גבוה ועמיד בפני שחיקה, המסוגלים לגרוס במהירות ובאופן אחיד פסולת רפואית שונות, לרבות מזרקים, צינורות עירוי, בקבוקי תרופות ופסולת מעבדה. ראש החותך משמש לקיבוע ולתמוך בלהבים ובו זמנית להניע את סיבובם. העיצוב שלו מבטיח מרווח להב סביר להשגת אפקט גריסה אופטימלי וגודל חלקיקי פלט. רכיבים אחרים כוללים את המנוע, המפחית, המסבים והצמדים. המנוע מספק כוח, המפחית מווסת את המהירות כדי להבטיח פעולת להב במהירות גבוהה ויציבה, והמיסבים והצמדים מספקים כוח תמיכה ומשדרים, הדורשים עמידות בפני שחיקה ועמידות בטמפרטורה גבוהה כדי להבטיח פעולה יציבה לטווח ארוך ולהפחית רעידות ורעש.
מגרסות פסולת רפואית מצוידות גם באביזרים בטיחותיים ועזרי עזר, כגון כיסוי מגן לכניסת הזנה, התקן למניעת חסימה, שסתום בקרת יציאת פריקה ולחצן עצירת חירום. אביזרים אלה מבטיחים בטיחות תפעולית ומונעים מגע מקרי עם הלהבים על ידי מפעילים. אביזרי עזר כגון בסיס המכונה, ברגי תיקון והתקני שיכוך רעידות מבטיחים יציבות ציוד, מקלים על ניקוי ותחזוקה ושומרים על בטיחות ואמינות תוך הבטחת פעולה יעילה.