מגרסות פסולת רפואית מסווגות למגרסות פסולת רפואיות כלליות ומגרסות פסולת חדות. מגרסות פסולת רפואיות כלליות משמשות בעיקר לעיבוד פסולת כללית כמו פלסטיק, נייר ובדים, בעוד שמגרסות פסולת חדות מיועדות במיוחד לחפצים חדים כמו מחטים ולהבים. הלהבים וחומרי תא הגריסה שלהם חזקים יותר, מבטיחים גריסה בטוחה ומונעים פציעה מקרית.
על סמך מקור הכוח ניתן לחלק את המגרסה למגרסה חשמלית ומגרסות הידראוליות. מגרסות חשמליות משתמשות במנוע להנעת הלהבים, וכתוצאה מכך מבנה פשוט ותפעול קל, מתאים למוסדות רפואיים קטנים עד בינוניים. מגרסות הידראוליות משתמשות במערכת הידראולית כדי לספק מומנט גדול יותר, המתאימה לתרחישי עיבוד פסולת בעצימות גבוהה בנפח גדול, כגון בתי חולים גדולים ומרכזי עיבוד מרכזיים.
ניתן לסווג מגרסות פסולת רפואית גם למגרסות ידניות/חצי אוטומטיות ולמגרסות חכמות אוטומטיות לחלוטין. מגרסות ידניות או חצי אוטומטיות מתאימות למוסדות קטנים הדורשים תפעול ידני להאכלה ופריקה. מגרסות חכמות אוטומטיות לחלוטין כוללות הזנה אוטומטית, גריסה אוטומטית, פריקה אוטומטית ופונקציות ניטור אינטליגנטיות. הם יכולים להתאים באופן אוטומטי את מהירות הגריסה וגודל החלקיקים הפלט בהתאם לסוג הפסולת, לשפר את יעילות העיבוד ולהבטיח בטיחות.