מרכיבי הליבה של ציוד לטיפול בפסולת רפואית כוללים בדרך כלל מערכת אחסון ושינוע. חלק זה אחראי בראש ובראשונה לאיסוף פסולת רפואית מנקודת ייצורו ולהובלתה בטוחה ליחידת הטיפול. כדי למנוע זיהום משני, תאי אחסון עשויים לרוב מחומרים עמידים בפני קורוזיה ומצוידים בהתקני איטום ומערכות שינוע אוטומטיות על מנת להבטיח שפסולת לא תדלוף או תבוא במגע עם הסביבה החיצונית במהלך ההובלה.
יחידת הטיפול היא מבנה קריטי של הציוד, הקובע ישירות את היעילות והבטיחות של הטיפול בפסולת. שיטות הטיפול הנפוצות כוללות שריפה בטמפרטורה גבוהה, עיקור בקיטור וחיטוי במיקרוגל, לכל אחת דרישות מבניות שונות. לדוגמה, משרפה בטמפרטורה גבוהה מורכבת בדרך כלל מתא בעירה, מחליף חום ומערכת פליטה, בעוד שיחידת עיקור בקיטור דורשת מיכל לחץ ומערכת חימום כדי להבטיח עיקור יסודי של הפסולת בטמפרטורה ולחץ גבוהים.
מערכת הפליטה והניטור היא מרכיב מכריע בהבטחת תפעול בטוח של ציוד לטיפול בפסולת רפואית. הפסולת המטופלת צריכה לעבור שלבי קירור, מיצוק או ריסוק כדי להבטיח שהפליטות הסופיות עומדות בדרישות הגנת הסביבה. במקביל, הציוד מצויד בדרך כלל במערכות ניטור טמפרטורה, לחץ ופליטות המתעדות את נתוני התהליך בזמן אמת ויכולות להתריע או לכבות באופן אוטומטי במצבים חריגים כדי להפחית סיכונים סביבתיים ותפעוליים.